本发明涉及地下水采集技术领域，具体是一种多深度地下水取样装置及其取样方法，包括卷收装置，所述卷收装置的一侧电性连接有控制器，所述卷收装置包括卷收轮支撑架，所述卷收轮支撑架上方转动设置有卷收轮，且卷收轮的外部卷收有导线管，所述导线管的一端连接有取样装置，所述卷收轮支撑架的外壁设置有导管输送轮，且导线管搭设在导管输送轮上，本发明设置有多个独立的样品储存管，同时通过驱动装置对样品储存管进行转换操作，能够对未取样的样品储存管进行转换，使样品储存管能够在水下进行轮换，该装置能够直接在水下不同深度进行取样，方便使用者进行使用，同时该装置还设置有阻流结构，能够减少取样位置水体的流动，增加取样的准确性。