本发明公开了高离子基团含量共价有机框架膜、制备方法及其应用，其中共价有机框架膜，采用水相‑有机相两相界面法胺单体与醛单体缩聚得到，原料包括布朗斯特酸在有机相中活化的醛单体与布朗斯特碱在水相中活化的胺单体，胺单体为离子型胺单体。本发明方案通过活化技术，使得界面反应得到加速，能够利用反应活性较低的离子型胺单体在较短的时间内合成出离子型COF膜，反应效率高，产品质量可控性好，结晶性好，孔隙率高，具有优异的质子传导能力。