本发明公开了一种使用干牡蛎提取牡蛎肽的提取方法，涉及天然产物有效成份的分离提取技术领域。使用干牡蛎经过超声酶解、正交静电场‑微波灭酶、除菌浓缩、负压喷雾干燥等步骤提取牡蛎肽。其中，超声酶解增加了酶解效率，同时使细菌细胞膜变薄，有利于后续灭菌；在正交静电场作用下，微波灭酶，加快了灭酶的效率，增加了酶解液的电导率，有利于后续酶解液的除菌浓缩；在声热作用下，凝胶超滤除菌膜的膜孔减小，对牡蛎肽的浓缩和除菌效果增加；改性葡聚糖的羰基和氯原子与自制纤维膜的氨基和叔胺基反应形成的胍基化合物和季铵盐化合物，在超声作用下交联缠绕，得到凝胶超滤除菌膜，赋予膜除菌性的同时增加了膜的使用寿命。