本发明公开了一种采用新鲜牡蛎提取抗疲劳功能多肽的方法，涉及多肽的提取工艺。本发明在制备抗疲劳功能多肽时，以除去壳和内脏的新鲜牡蛎为原料，通过高压冷冻处理，再粉磨成牡蛎粉，用胃蛋白酶对二次高压冷冻处理后的牡蛎粉进行酶解通过离心得酶解上清液，将酶解上清液过透析膜后用透析袋透析制得牡蛎多肽，用牡蛎多肽对铁元素进行螯合制得抗疲劳功能多肽胶体，最后将抗疲劳功能多肽胶体进行二次粉磨，杀菌，氮气封存制得。本发明制备的多肽产率较高并具有良好的抗疲劳效果。