本发明提供了一种基于生物效应的昆仙胶囊质量控制方法与应用，主要包括如下步骤：昆仙胶囊样品乙醇提取物的制备；采用斑马鱼对昆仙胶囊样品乙醇提取物进行生物效应检测，用药浓度以昆仙胶囊样品浓度为7μg/ml为标准；昆仙胶囊样品生物效应检测结果：统计斑马鱼节间血管总长度为1800‑2400μm的昆仙胶囊样品为合格样品；本发明首次建立了昆仙胶囊基于生物效应的质量检查方法，并且有效避免了依据生物效应检测中出现误判的情况，对昆仙胶囊以化学成分为检测指标的现行标准提供了重要补充，尤其是对昆仙胶囊缺方、减方样品的检测，提供了一种有效的生物检测方法。