本发明公开了一种双增压器可调喷嘴系统的控制方法，包括：步骤1、检测双增压器可调喷嘴系统运行环境；步骤2、根据环境温度，设定初始基准原点A步骤3、判断可调喷嘴执行机械结构是否有移位变形的情况，若是，则发出报警，若否，则执行下一步骤；步骤4、分别设置主增压器的执行电机的转速、从增压器的执行电机的转速；步骤5、判断稳压箱压力P_稳是否大于稳压箱压力标定值P_限，若是，则判断为稳压箱压力超限，执行稳压调节，若否，则执行下一步骤；步骤6、对主增压器、从增压器进行转速调节。本发明通过更加精准的控制方法，更加精准的调节增压器，避免增压器出现喘振现象，提高增压器使用寿命，减小了增压器的维修成本。