本发明公开了一种轨道交通站台门安全防护系统及其控制方法，包括站台门系统、PEDC、分析主机、控制模块、站台门状态显示主机和声光报警器，站台门安全回路、间隙探测回路和站台门运行状态回路，站台门安全回路和间隙探测回路为站台门系统既有检测回路，站台门运行状态回路为新增回路，检测到站台门出现非安全状态数据时，回路断开并保持，站台门系统总安全回路断开，列车无法进出站。本发明将站台门运行状态数据分为安全状态数据和非安全状态数据两类，安全状态数据由站台门系统正常工作状态数据和不影响运营安全的故障数据组成，非安全状态数据由站台门系统异常工作状态数据和影响运营安全的故障数据组成。