本发明公开了一种高级别生物安全洁净室工况转换控制系统，包括洁净室，送风空调机组，所述送风空调机组包括至少两个相互独立且均能实现向洁净室内进行送风的送风机；排风机组，所述排风机组包括至少两个相互独立且均能实现将洁净室内的空气排出的排风机，且排风机单位时间内排出的风量比送风机多；第一处理模块，所述第一处理模块用于控制两个送风机的切换；第二处理模块，所述第二处理模块用于控制两个排风机的切换。避免由于设备停机造成时间的浪费，不会对洁净室的负压、洁净度等产生影响，可保证洁净室的正常使用，可靠性、稳定性更高，特别是对于洁净室内不能有外泄的，有重要意义，具有良好的应用前景，易于推广。