本发明公开一种环保型缓释补菌制剂的制作方法，主要包括以下步骤：步骤一、将作物种子单体颗粒作为基础材料，将其自然风干或者利用烘干箱烘干，得到干燥的种子；步骤二、利用制孔工具在干燥的种子的胚芽处钻孔，去除种子的胚芽结构，并在种子的内部做一孔腔；步骤三、将定量的菌剂注入孔腔后，利用封堵材料将钻孔开口处封堵，得到环保型缓释补菌制剂。该方法主要用于糊状或干粉状的菌剂，利用本发明提供的方法，可以制作环保型的缓释补菌剂，简单方便，易于操作，给作物施加本菌剂时，可以用机械装置进行施加，效率高，本菌剂具有缓释特性，随着作物的生长而缓慢释放，一次施加，长期有效。