本发明提供了一种牲畜的优生选配方法和装置，所述方法包括：获取公母畜的已育种信息，将每组公母畜的已育种信息作为结点特征，并生成若干个与每组公母畜一一对应的综合指标值；按照预设比例抽取结点特征和综合指标值，结合公母畜的系谱数据，建立训练集和图神经网络模型，直至模型收敛；输入待选育公母畜的育种信息至模型，获得输入的公母畜的综合指标值，结合第二预设条件，从所述待选育公畜中进行选配。本发明相对于现有技术，输入公母畜的育种信息到训练好的图神经网络模型，以此智能地获得公母畜的最优选配结果，而不局限于育种指标的计算，替代了人工根据育种指标和经验进行选配的步骤，具有更高的遗传进展效率和更低的人力、物力成本。