本发明公开了一种DS/FH扩频信号载波频率的高精度测量系统，所述测量系统包括：扩跳图案模块、解扩解跳模块、采样缓存模块、二维开槽模块、补偿修正模块、积分累加模块、峰值搜索模块和频率解算模块；解扩解跳模块根据实时的直扩伪码和跳频频率对接收信号进行伪码解扩和频率解跳；二维开槽模块根据捕获信息中的载波多普勒频移和载波多普勒变化率范围将运动速度、加速度划分成多个二维搜索子槽；补偿修正模块根据扩跳图案模块输出的跳频频率和二维开槽模块输出的子槽信息对采样缓存模块逆序读取的采样数据进行载波频率的补偿修正；频率解算模块根据积分峰值子槽信息采用时间修正技术解算得到输出时刻接收信号的载波多普勒频移、载波多普勒变化率。