本公开公开了一种混合供电系统及其能源调度方法、控制器和交通工具，涉及新能源领域。该方法包括：在储能设备的剩余电量大于等于第一电量阈值的情况下，控制储能设备向交通工具中的负载供电，其中，负载包括第一类用电设备和第二类用电设备；以及在储能设备的剩余电量小于第一电量阈值的情况下，若燃料电池的剩余燃料容量小于第一燃料阈值，则控制储能设备向第一类用电设备供电，若燃料电池的剩余燃料容量大于等于第一燃料阈值，则控制燃料电池向负载供电。本公开能够在交通工具有限载重情况下，在交通工具远航时向交通工具不间断供电，保障重要负载的运行。