本发明公开了一种基于多能互补的综合能源系统、调度方法及调度系统，应用于综合能源调度技术领域。综合能源系统包括：冷热电联供模块、供冷设备、供热设备和储能模块；冷热电联供模块分别与供冷设备、供热设备、储能模块相连；供冷设备还与储能模块相连；供热设备还与储能模块相连；冷热电联供模块用于利用天然气供电，并对供电时产生的热能进行余热回收处理，根据余热回收处理分别进行供热和供冷；供冷设备用于辅助供冷；供热设备用于辅助供热；储能模块用于充放电能、热能、冷能。本发明通过将多能源供给方式与综合能源系统相结合，解决现有技术中综合能源系统供能单一的问题，以及实现对多能源供给的灵活调度。