本发明提供了一种底泥原位生物修复设备，包括：水体阻隔器、间隙水采集器、间隙水成分监测器、曝气器、复合酵素投加器、水生动植物投加器、自适应管控器、电力供能器以及壳体，其中，壳体内设置为网格状空间，各网格状空间相互隔离，用以分别安放间隙水采集器、间隙水成分监测器、曝气器、复合酵素投加器、水生动植物投加器、自适应管控器、电力供能器；电力供能器分别与间隙水采集器、间隙水成分监测器、曝气器、复合酵素投加器、水生动植物投加器、自适应管控器相连；自适应管控器分别与间隙水采集器、间隙水成分监测器、曝气器、复合酵素投加器、水生动植物投加器相连。可以实现底泥污染物的自动修复。