本发明公开了一种台湾含笑和红花深山含笑杂交育种方法，属于树木育种技术领域。本发明选择16年生台湾含笑作为母本，10年生红花深山含笑作为父本；于盛花期，从红花深山含笑优树上采集花被片张开的新鲜花朵，去掉花被片，待雄蕊的药室张开并散落花粉收集花粉；以台湾含笑发育良好的，花被片刚露出，柱头被花被片包裹而未暴露出来的花作为授粉对象进行授粉操作，授粉后套袋；待聚合蓇葖果开始开裂并露出红色或橙红色的假种皮进行采集，自然阴干至带有假种皮的种子完全暴露出来，洗去假种皮，获得干净的杂交种子。本发明破除了种间生殖隔离，为创制优良新品种提供了技术基础，与自由授粉相比，坐果率和心皮结籽率得到提高，种子千粒重偏低。