本发明提供了一种菰的定向杂交育种方法，旨在解决现有技术中旨在解决现有的菰在杂交时，比较浪费人工且在获取的菰的杂交种子中容易混入自交种子的问题。菰的定向杂交育种方法，包括：根据定向杂交目标选择父本和母本；在选择母本时，选取同一个菰穗在雌花开花授粉完毕后，雄花才开始开花的菰品种作为母本；将父本和母本种植在同一个密闭的空间内，在开花时期采用风力授粉；在母本中，对授粉完毕的菰穗，当天套上密封袋。由于密封袋内的母本雌花已授粉完毕，同一菰穗上的雄花在密封袋内开花后也不会对雌花进行授粉；此外，母本的雄花不会脱离密封袋去和其余母本植株的雌花进行授粉。