本发明属于杂交育种技术领域，公开了一种热带睡莲的杂交育种方法及应用，包括：进行花粉采集；挑选第一天开放柱头液新鲜充盈的花朵作为母本；用普通吸管采集柱头液，并将所采集柱头液与花粉混合；将混有花粉的柱头液回滴至柱头，注意不要让回滴液体溢出；完成授粉；授粉完成后，在标签牌上注明信息后系好，套网袋；授粉成功后2～3h花朵闭合，即可登记；授粉成功后5～10天，观察到花梗极度弯曲、果实呈现竖立状、触摸可发现子房膨大，证明授粉成功。本发明提供的热带睡莲的杂交育种方法，方便快捷，能够有效解决传统的人工授粉采用的镊子或毛笔蘸取花粉涂抹到柱头上，操作过程费时费力、效率低、且易伤及柱头的问题。