一种纯化系统控制方法及纯化装置，方法包括以下步骤：a.操作人员启动设备前先通过选择开关选择超滤或层析，再将装置上电；b.PLC根据选择开关的输入信号控制超滤工控机或层析工控机，超滤工控机或层析工控机上电运行后开始数据存储及监控；同时，PLC根据选择开关的输入信号发送指令给KVM，KVM匹配正确的系统监控信息到显示单元。本发明提供的提供一种纯化系统控制方法及纯化装置，同时兼容了超滤和层析两套系统，通过监控系统自动切换，确保正确匹配，电控系统互锁后可防止错误操作。一机两用的设计降低了生产线装置配置数量，提高装置使用率，减少运营成本，最大程度地展现高价值投资的灵活性。