本发明涉及工质充装领域，具体而言，涉及一种工质充装系统及工质充装的方法。所述的工质充装系统，包括：第一工质储存装置、第二工质储存装置、第一真空装置和第二真空装置；其中，所述第一工质储存装置和所述第二工质储存装置相连接；所述第一工质储存装置与所述第一真空装置和所述第二真空装置分别通过第一管路和第二管路相连接；所述第二管路上还设置有三通换向阀门，所述三通换向阀门用于连接所述第一工质储存装置、所述第二真空装置和待充工质的工件；所述第一管路与所述第二管路相连接，并且在连接点处互通。所述的工质充装系统，设置合理，安全性高，能够实现工质的精准充装。