本发明公开了一种基于战略性深耕缓解石灰质土壤烟草连作障碍的方法，属于农业生产技术领域，解决了传统技术中由于烟草连作引起的连作障碍的问题。包括1、战略性深耕：对薄层石灰质紫色土烟草连作坡地进行横向耕作，形成母岩碎屑暗槽和疏松物质层相间的土壤剖面结构；然后进行顺坡耕作，形成地下暗槽排水体系；2、旋耕起垄，移栽烟苗：施加有机肥后采用旋耕机对坡地进行浅翻后顺坡起垄，形成相对独立的土壤隔间，然后移栽烟苗；3、揭膜上厢，建排水沟：烟株进入团棵期后揭膜上箱，同时开设横向明沟和纵向明沟形成地表排水体系；4、打顶除芽，烟叶采收。本发明可调控土壤结构，提高根际微生物多样性，增强烟株对钾元素的吸收能力和抗逆性。