本发明公开了一种结合空间显式水文模型模拟土壤中氮淋失的方法，该方法结合水文数值模型，计算土壤无机氮淋失到地下水中的速率；结合溶质运移模型，计算无机氮从地下水排放到地表水的浓度。具体包括以下步骤：基于空间显式水文模型计算浅层土壤中各单元格的无机氮载量；从水文模型中获取各单元格的土壤参数及水文变量，并计算特定时间步长内的氮淋失速率；将特定时间内的氮淋失量作为氮源，结合溶质运移模型求解地下水出口处的排放浓度；计算全区域的年均氮淋失速率。发明实例表明该发明能够有效地模拟氮淋失过程，并准确地计算氮载量、通量及排放的无机氮浓度。与其它技术相比，该方法对空间显式模型具有高适应性且计算的精度更高。