本发明实施例涉及图形数据库领域，具体公开了一种原生图数据存储方法和系统。本发明实施例通过采集一个生产周期中的多个第一生产记录数据；构建第一原生图数据库；将第一原生图数据库转移至第二存储空间中，将剩余的第一生产记录数据留存在第一存储空间中；对第一原生图数据库和第一非关系数据库优化，分别生成第二原生图数据库和第二非关系数据库。能够根据生产周期进行生产记录数据的采集，进而根据采集的数据进行原生图数据库和非关系数据库的构建，且将原生图数据库和非关系数据库分别存储，并能够通过后续生产周期中采集的生产记录数据进行原生图数据库和非关系数据库的优化，使得原生图数据的存储应用在产品生产中。