本申请公开了一种原生图数据库处理方法及系统，该方法包括：接收到生成图数据的请求；根据所述请求通过图数据计算引擎访问图数据库，其中，所述图数据库位于磁盘中，所述图数据库中的数据保存在磁盘中；通过所述图数据计算引擎计算得到所述图数据对应的节点和边，其中，所述节点和边为组成所述图数据的对象；根据计算得到的节点和边连接成所述图数据，其中，计算得到所述图数据对应的节点和边以及连接成所述图数据是通过分布式进行的。通过本申请解决了现有技术中使用内存进行图数据处理所导致的问题，从而可以进行更大容量的图数据的处理。