本发明提供一种用于医疗健康档案管理系统的数据保护方法及装置，所述方法包括：采集用户医疗数据；对所述用户医疗数据进行标准化处理，以得到数值型用户数据集；利用HiLL可逆矩阵加密算法对所述数值型用户数据集的数据进行加密处理，并将加密处理后的数据存储在数据库中；对所述数据库中存储的数据进行还原处理，并利用基于K匿名聚类的改良算法将还原后的数据转换为脱敏数据，以发布到前端显示界面进行可视化展示。本发明针对数据生命周期的不同阶段特点，采用两种不同的数据加密方案：前端数据的隐私保护采用基于k匿名的改良算法；后台数据的加密采用可逆矩阵加密，从而实现从数据的生命周期出发对于医疗数据进行高效的隐私防护。