本发明公开了一种电子档案数据保全系统和方法。其中，系统包括档案数据接收模块、档案数据保管模块、档案数据利用模块和档案数据退出模块。档案数据接收模块对待入库保全档案数据进行数据预处理、数据验证和数据接收全流程记录；档案数据保管模块对入库保全档案数据按照预设独立检测分级规则实时监测数据状态，并根据数据全时间线状态对入库保全档案数据进行自主修复和保全；档案数据利用模块为授权用户提供所需求的入库保全档案数据，并存储相应的数据利用记录；档案数据退出模块用于当校验许可文件无误且档案数据出库要求方为授权用户，自动执行档案数据的退出手续办理操作；从而可有效保证电子档案数据内容的安全性、完整性、真实性和可用性。