本发明公开了一种基于区块链的高可控分布式数字身份识别系统，包括分布式账本层、分布式身份标识层和可验证数字凭证应用层；所述分布式账本层是整个项目的基础设施，提供了对DID文档以及其他需要分布式存储内容的数据存储锚定；所述分布式身份标识层将基于分布式账本层上实现了一套符合W3C DID规范的分布式多中心的身份标识协议，使实体的现实身份实现了链上的身份标识；所述可验证数字凭证应用层用于对数据进行标准化、电子化，生成可验证、可交换的凭证，支持对凭证的属性进行选择性披露，及生成链上存证。本发明，分布式身份标识层的应用场景非常广泛，可覆盖任何需要高可靠性身份验证的场景，如政务、金融、教育、医疗等。