本发明公开了一种纵向多方数据聚合计算解决方案系统，包括：控制系统模块，用于读取本地配置文件并构建通信结构，控制系统模块包括通信认证部、多数据聚合部、数据库连接部以及数据交换部；安全模块，用于加密或解密接口，并认证通信结构，包括加解密部、安全认证部、聚合数据解密部以及硬件加速部；数据缓存模块，用于缓存数据；数据聚合运算模块，用于将不同特征的数据进行聚合得到聚合数据，并根据聚合计算任务采用机器学习算法对聚合数据进行计算，包括多数据聚合部、任务流部以及数据处理部；机器学习算子模块，用于提供机器学习算法；主动防御模块，用于检测系统运行过程中的异常情况，包括安全指令计数部和计算任务评估部。