本发明提供了一种高效便捷的构建木质素降解酶基因集的方法。从自然或人工环境中含有大量微生物的样品，在实验室条件下以木质素为生长底物，进行木质素降解微生物富集培养。鉴定培养过程中有木质素降解酶生产或木质素被降解，再通过高通量测序和宏基因组学分析手段，筛选鉴定出多个木质素降解酶，构建木质素降解酶基因集。本发明大大扩大了木质素降解酶筛选的来源，为构建木质素生物炼制工艺提供大量性能优越的降解酶，也能促进木质纤维素全组分生物炼制工艺的发展。