本发明公开了一种浅水区水生态修复系统和方法，划定水陆边界0‑0.5米水深范围内为种植区域；所述种植区域包括沿陆地一面种植的植株较小的挺水植物或湿生植物系统，沿水域一面种植的沉水植物系统。所述沿陆地一面种植的植株较小的挺水植物或湿生植物系统，包括粉绿狐尾藻、铜钱草、水芹、空心莲子草、水蓼、龙舌草、泽泻、李氏禾、水蕹中的一种或多种；所述沿水域一面种植的沉水植物系统，包括丽藻、大茨藻、小茨藻、狸藻中的一种或多种。本发明能够解决一般水生态修复中浅水区易斑秃的缺点，能够净化浅水区水质，显著提高浅水区水生植物覆盖度，形成浅水区水下草原。