本发明提供了一种拦截水网区设施菜地氮磷流失系统，运用于水体污染防治技术领域，包括：在菜地与水网之间设置有第一拦截装置、第二拦截装置和第三拦截装置；所述菜地上设有装载第一拦截装置的载体，所述第二拦截装置用于在沟渠内拦截氮磷，所述第三拦截装置用于在沟渠和河流接口处拦截氮磷；所述第三拦截装置还包括：生物脱磷除氮池和电解脱磷除氮装置，所述生物脱磷除氮池连接沟渠，所述电解脱磷除氮装置连接在沟渠的出口处；所述第一拦截装置、第二拦截装置和第三拦截装置按照水流流向依次排列。采用第一拦截装置、第二拦截装置和第三拦截装置将菜地流失的氮磷元素在进入水网之前进行拦截，同时将拦截的氮磷重复利用。