本发明涉及一种提高小麦发芽率的方法，包括以下过程：在施用腐熟秸秆的土壤中种植小麦和利用低矿物度水对种子萌发、幼苗生长阶段进行灌溉。该方法对小麦种植过程中的肥料进行了改进，采用腐熟秸秆作为种植小麦的肥料，一方面对玉米秸秆进行了有效的再利用，另一方面可提高小麦的发芽率；该方法在种植小麦过程中采用微咸水进行灌溉，同样可以提高小麦的发芽率，并且避免了微咸水灌溉对小麦发芽的不利影响，可以作为微咸水替代淡水灌溉的方法，从而节约淡水资源。