本发明涉及内燃机装配领域，公开了具有保护系统的氢内燃机系统装配工装，包括工作台，所述工作台的表面固定安装有壳体，壳体的表面固定嵌合有底座，底座的表面贯穿开设有通孔，壳体的内部设置有放卷组件，放卷组件包括穿过通孔的牵引绳和固定安装在牵引绳外表面的第一翅条，通孔与牵引绳加上第一翅条后的形状和尺寸相适配。本发明通过放卷组件、通孔、移动组件和导向组件等之间的配合，在工具快要接触氢内燃机时可以增大下降阻力，起到对工作人员的提醒作用，避免工具对氢内燃机造成损伤，可以起到对氢内燃机的保护作用；在工具快要复位完毕时增大上升阻力，起到对工具的缓冲作用，避免工具与壳体发生碰撞，可以起到对工具的保护作用。