本发明公开用于计算微生物基因组甲基化单碱基分辨率动力学的系统。本发明的系统包括：数据采集模块，其用于获取来源于不同生长周期内的微生物的基因组测序数据；数据拟合模块，其用于构建与第一复制叉距离不等的基因组位点的复制数矩阵，并计算第一复制叉所处基因组位置的累积分布密度，得到基因组复制时间；甲基化基序的再修饰时间确定模块。本发明首次通过模拟复制介导的被动去甲基化和再甲基化的动态过程，在全基因组范围内以单碱基分辨率表征微生物体内甲基化动力学，从而为更好地了解细菌和其他微生物物种的表观遗传调控提供了有用的参考。