本发明的目的在于提供一种优异的核酸序列分析方法，以便容易地同时检测出样品中所含的多个碱基多态性的种类。将待测多种的碱基多态性的样品，与多种第一种寡核苷酸和多种第二种寡核苷酸进行杂交，用含核酸酶活性的酶及含连接酶活性的酶将第一种寡核苷酸和第二种寡核苷酸连接，形成连接的寡核苷酸，使用与该连接后的寡核苷酸具有互补序列的检测用探针，鉴定该连接后的寡核苷酸的核苷酸种类，实现同时鉴定含于样品中的多种的碱基多态性的种类。