本申请涉及用于次要等位基因和多态性的鉴定和定量的多重化方法。本文提供了用于检测含有次要核酸物质和一种或多种主要核酸物质的混合物的样品中次要核酸物质是否存在的产品和方法，其中次要核酸物质的量(频率或拷贝数)小于主要核酸物质的量。某些方法包括扩增混合物并用链终止剂和与扩增子特异性杂交的延伸引物延伸所得的扩增子，其中针对主要核酸物质特异性的链终止剂具有小于对于次要核酸物质特异性的链终止剂的浓度。使链终止剂的浓度倾向于相对于主要核酸物质特异性链终止剂有利于对于次要核酸物质特异性的链终止剂的高浓度改善了检测在混合物中以低频率或拷贝数存在的次要核酸物质的检测限(灵敏度)。另外，从主要核酸物质扩增子的延伸产物生成的信号可用作阳性对照并且允许相对于混合物中的主要核酸物质对次要核酸物质进行定量。