本发明公开了一种基于工程独立坐标系的多源三维模型融合处理方法及系统，包括：获取当前项目工程的工程独立坐标系，计算坐标范围，根据坐标范围计算顶层瓦片；基于顶层瓦片，构建地形瓦片格网；获取当前项目工程的DEM数据和DOM数据，基于地形瓦片格网坐标范围，确定DEM数据和DOM数据所在瓦片的层级，得到影像瓦片格网；根据影像瓦片格网得到三维地形纹理数据；获取当前项目工程的倾斜摄影数据，根据工程独立坐标系对倾斜摄影数据坐标转换，得到倾斜瓦片格网以及倾斜纹理坐标；根据倾斜瓦片格网以及影像瓦片格网的瓦片层级关系，对三维地形纹理数据与倾斜纹理坐标进行融合。本发明为利用倾斜模型和DEMDOM进行场景整合提供了一种高效智能处理方法。