本发明公开了一种修复土壤重金属的凹凸棒生物菌剂及其制备方法，凹凸棒生物菌剂原料主要由活化凹凸棒石黏土、腐殖酸、营养素、复合功能生物菌A组成，将原料混合制成颗粒，在颗粒表面进行包膜，包膜材料内添加复合功能生物菌B。本发明营养元素全，肥效持久，不仅含有大量有机质和中微量元素，同时含有大量有益微生物，是一种长效能全面满足农作物的营养需要，又兼有保水、保肥、缓释、改良土壤、吸附农残和重金属、生物活化和生物防治等作用，具有普通化肥不可比拟的优越性，同时对肥料和菌剂均具备良好的缓释性能，为植物或者土壤的吸收预留足够的时间，避免短时间内释放造成流失。