本发明涉及微生物菌剂制备技术领域，特别涉及一种微生物菌剂制备工艺，包括支撑座、制备箱、进料口、搅拌机构与喷洒机构。本发明设计的搅拌机构通过拨杆上的一号分散杆与插拨柱上的二号分散杆交错排布，从而对基质进一步的交错拨散，避免了基质结块难以与种子液充分混合的问题，同时插拨柱在转动的过程中对基质有多个方向的搅拌作用，避免种子液与基质的混合不均匀造成微生物菌剂质量不佳的问题，同时在底部封口组件中的支撑杆带动扇形板沿其与安装环形槽的铰接处进行翻转，从而使得制备箱的底部打开，以便于将制备箱内混合之后的基质与种子液排出，避免制备箱内混合之后的基质与种子液为了便于混合导致其难以取出的问题。