本发明涉及计算机技术领域，具体为一种基于机制匹配的项目协同创新系统、方法及存储介质，其中系统包括：需求发布模块、协同选择模块、实施监管模块、成果转换模块、创新交流模块、系统管理模块和存储模块；需求发布模块，用于编制项目的内容，设置项目的机制；对项目进行多级审核；根据设置的机制，对各参与方所提出的匹配条件在各个机制上进行匹配，获取匹配率；将本项目招标信息推送给符合预设匹配率的参与方，并发布；实施监管模块，用于录入实施的项目的当前项目进度，并根据当前项目进度判断项目是否完结，若是，则触发成果转换模块；若否，则继续项目实施。本方案能提高双方的合作达成率，保证项目的有序进行和项目成果按约分配。