本申请提供一种基于PTP的通讯时钟同步方法、系统和设备。本申请中各设备能够分别获取主时钟令牌作为主时钟，并根据各级设备上传的设备自身晶振时钟与绝对时钟源信号T之间的偏差量相应获得设备偏差量矩阵。由此，各从设备能够分别根据其从属关系，根据其同步路径上各节点所对应的偏差量，对本设备所接收到的绝对时钟源信号T进行修正，准确对设备时钟进行校准，克服因设备自身晶振误差所导致的累积误差和同步问题。本申请可通过主时钟令牌的流转灵活调整系统中各设备之间的主从关系，以动态方式保证系统中各设备均能准确校准其晶振时钟误差，通过设备偏差量矩阵修正晶振时钟偏差，保证PTP域中各设备均能够在每次校准的间隔周期内保持高度同步。