本发明提供了一种时钟延时测试方法，包括例化锁相环单元和触发器单元，以所述锁相环单元发送第一时钟和第二时钟，使所述第一时钟沿全局时钟树传输并经过互联单元传输到所述触发器单元的数据端，使所述第二时钟沿全局时钟树传输到所述触发器单元的采样端，计算所述第一时钟在所述全局时钟树传输的第一延时和所述第二时钟在全局时钟树传输的第二延时，调整所述第二时钟的相移，以使所述第二时钟滞后所述第一时钟，直至所述触发器单元的输出发生跳变，并获取所述第二时钟滞后所述第一时钟的滞后时间，根据所述第一延时、所述第二延时和所述滞后时间计算时钟区域间延迟时钟，简化了测试组网，降低了成本。本发明还提供了一种时钟延时测试系统。