本申请涉及一种基站的时钟同步测试系统、方法、装置和存储介质。基站的时钟同步测试系统包括连接待测试基站的交换机，时钟源组和连接交换机的测试主机。时钟源组中的待测试时钟源单元可包括连接待测试基站的定位时钟源单元，连接交换机的服务器时钟源单元和空口时钟源单元。测试主机基于交换机、控制待测试基站与任一待测试时钟源单元进行时钟同步测试；并且，测试主机还遍历各待测试时钟源单元，直至待测试基站完成与各待测试时钟源单元的时钟同步测试为止。该系统能够根据时钟同步模式的测试需求，自动切换待测试基站的时钟同步信号并达到自动遍历、测试各个时钟同步功能的效果，在测试环境变更环境上节省人力成本，提高测试效率。