本申请涉及一种财务数据的元数据处理方法及计算机系统。该方法包括：数据处理系统获取第一文件，获取第一文件的第一元数据，根据第一元数据，判断第一文件是否为已审计的财务数据文件；若第一文件为已审计的财务数据文件，则数据处理系统将第一元数据插入到第一文件中，得到第二文件，将第二文件存储到文件系统；文件系统在第二文件中查找第一元数据，生成所述第一文件的索引信息，将第一文件的索引信息添加到聚集索引。通过本申请，解决了将元数据存储在数据库导致的处理效率低和部署成本高的问题，避免了因数据库瓶颈导致的处理效率低的问题，也降低了部署成本。