本发明公开了一种BRT的公交纵向自动驾驶控制方法及控制系统，方法包括：获取公交车的车速信息以及定位信号，并判断当前公交车所处的位置和车辆航向角；根据定位信号确定所处公交车道位置对应的预设区域编码；根据车辆航向角与预设车道航向角，判断公交车的行驶方向和预设车道编码；根据当前车道编码与对应的道路信息、限速信息和站点信息，依据自动驾驶算法，计算得到目标车速，综合计算得到电机控制信号并控制电机运行。通过本发明的技术方案，实现自动跟车行驶，能够动态调整公交车间距，实现整体规划，还能够大大减少司机的操控行为，缓解司机驾驶疲劳程度，提升乘客的乘车体验。