本发明公开了一种防生物附着的水下监测系统，包括操作台、电缆以及终端机构，终端机构包括安装架，安装架的底部活动设有智能监测装置，智能监测装置包括翻转仓，翻转仓内设有伸缩筒，伸缩筒上设有摄像头和超声波距离传感器。摄像头和超声波距离传感器能够对隧洞内的情况进行全方位的观察监测，并且伸缩筒的一侧设有毛刷，毛刷能够自动对伸缩筒进行清洁，防止生物和泥沙附着，此外伸缩筒外设有清洁臂，清洁臂能够对周围隧洞的内壁进行清洁，确保终端机构周围的环境不会有水下生物繁殖，在平时状态下，伸缩筒位于翻转仓内，不会有生物进入，翻转仓通过翻转能调整至隧洞的上方，不会影响隧洞的正常运作，智能化程度高，效果好。