本发明公开了基于全光谱水质分析仪的监测预警方法和系统，涉及水质分析仪技术领域，包括信息整理模块、设备监测模块和预警分析模块；所述信息整理模块用于对采集的河水水质数据进行有效性检测；若检测合格，则将河水水质数据发送至监控中心，供监控中心的管理人员研究分析；若检测不合格，则对全光谱水质分析仪进行校准，重新采集河水水质数据，确保采集的参数数据符合水质分析的精度要求，使得水质分析结果更具有公信力；所述预警分析模块用于对数据库内存储的带有时间戳的校准信息进行校准系数分析，若校准系数≥校准阈值，则生成预警信号，提醒检测员对全光谱水质分析仪进行维修或更换，以提高全光谱水质分析仪的测量精度和准确度。