本发明提供了一种具有负债归集冲销功能的预算会计凭证生成系统及方法。该预算会计凭证生成系统，包括：归集冲销科目信息集存储部、归集明细表存储部、科目判断部、金额判断部、科目转换获取部、归集明细信息生成部、检索获取部、负债冲销部以及分录生成部，其中，归集冲销科目信息集存储部存储有归集冲销科目信息集，归集明细表存储部存储有包含至少一条负债归集明细信息的负债归集明细表，每条负债归集明细信息至少包括归集金额以及对应的待冲销金额、财务会计科目代码和预算会计科目代码。本发明能够对财务会计与预算会计的负债差异进行自动归集和冲销，既避免人工记录带来的差错，又减轻会计人员的工作量，减少业务处理的难度。