本发明提供了一种预算会计凭证生成系统及方法。该预算会计凭证生成系统，包括：预算会计科目映射表存储部、财务会计科目映射表存储部、通用预算会计科目信息存储部、分录克隆部、科目判断部、检索获取部、科目替换部以及凭证生成部，预算会计科目映射表存储部存储有预算会计科目映射表，每个预算会计科目信息对应有唯一的转换标识信息，财务会计科目映射表存储部存储有财务会计科目映射表，每个财务会计科目信息对应有至少一个转换标识信息，通用预算会计科目信息存储部存储有通用预算会计科目信息。本发明能够根据财务会计凭证自动地生成对应的预算会计凭证，避免人工输入的差错，减轻会计人员的工作量，极大提升政府会计平行记账的工作效率。