本发明公开了一种自动咽拭子采集系统以及自动咽拭子采集方法，其中自动咽拭子采集系统包括工作台和设置在工作台上的第一机械臂组件、第二机械臂组件、试管夹持组件、试管架滑台组件、咽拭子切断组件、信息采集及引导组件、待检测头部定位组件以及控制器；第一机械臂组件能够驱动咽拭子夹夹持咽拭子进行采集，第二机械臂组件能够打开和盖上试管盖并将试管放置在试管架上，咽拭子切断组件可以切断咽拭子并使得其落入试管中。本发明公开的自动咽拭子采集系统能够实现咽拭子的自动采集降低医护人员工作负荷与感染风险，对于战伤救治、灾害救援、传染病防控均具有重要意义。