本发明公开了一种超高压输入型开关电源辅助供电起机控制系统及方法，其中，所述系统包括高压控制中心、高压辅助电源、两组以上分压电容、起机充电电路以及后级隔离反馈充电电路；分压电容串联于输入母线，两组以上分压电容中的第一组分压电容与高压辅助电源连接，两组以上分压电容中的第二组分压电容通过起机充电电路与高压控制中心连接，后级隔离反馈充电电路与高压辅助电源以及高压控制中心连接，后级隔离反馈充电电路用于向高压辅助电源充电，高压控制在隔离反馈电压达到设定范围时控制起机充电电路停止对第一组分压电容充电。本发明仅需要数只常用的低压贴片小开关管，就可以完成超高压输入的辅助供电，价格低廉且应用简单。